Test par RealPCR du SARS-CoV-2 (COVID-19) d’IDEXX

Validation analytique et études de spécificité croisée

Les Laboratoires de référence IDEXX ont conçu un tout nouveau test par PCR en temps réel afin de détecter le SARS-CoV-2 (COVID-19) sur la base d’un alignement unique avec les séquences génétiques publiées du virus à partir de l’épidémie humaine. Le test RealPCR SARS-CoV-2 (COVID-19) d’IDEXX a satisfait à toutes les exigences de validation analytique. Des études de spécificité n’ont fait ressortir aucune réactivité croisée avec le nouveau test PCR par rapport aux coronavirus vétérinaires courants qui affectent les animaux de compagnie. De même, il a été démontré que les tests RealPCR actuellement disponibles pour ces coronavirus vétérinaires ne détectent pas l’acide nucléique du COVID-19 synthétique. Les tests RealPCR d’IDEXX sont conçus et réalisés sur une plateforme PCR en temps réel standard au laboratoire de diagnostic moléculaire (PCR) de West Sacramento, en Californie. Plus de 4000 échantillons canins, félins et équins ont fait l’objet d’un dépistage avec le nouveau test RealPCR SARS-CoV-2 (COVID-19) d’IDEXX. Des échantillons de patients ont été soumis sur une période de quatre semaines à partir du 14 février 2020. Les échantillons utilsés pour le développement et la validation du test ont été obtenus à partir des échantillons soumis aux Laboratoires de référence IDEXX pour des bilans respiratoires par PCR. Les échantillons provenaient des États-Unis et de la Corée du Sud, et incluaient des échantillons provenant de régions telles que l’agglomération de Seattle, où l’on recense actuellement des cas humains de COVID-19. Les échantillons ont également donné lieu à des tests parallèles réalisés avec trois tests des Centres pour le contrôle et la prévention des maladies (CDC). IDEXX a maintenant élargi la surveillance au Canada et aux pays européens, incluant les régions où les taux de COVID-19 sont élevés dans la population humaine. À ce jour, aucun échantillon testé pour la COVID-19  n’a donné de résultat positif.

Conception des tests et validation analytique

Le test RealPCR SARS-CoV-2 (COVID-19) d’IDEXX cible le même gène de nucléocapside que celui utilisé dans les tests du CDC. Cette cible a été basée sur l’analyse de la séquence affichant une conservation élevée et adaptée en vue de répondre aux exigences en termes de point de fusion et d’ordre analytique de notre plateforme normalisée. La validation du test a d’abord consisté en une analyse des blastes par séquence par rapport à plus de 300 séquences génétiques accessibles au public. Par ailleurs, un témoin synthétique positif a été utilisé pour valider, au niveau fonctionnel, la performance du test, qui répondait aux exigences de rapport signal-bruit robuste durant l’efficacité d’amplification, de reproductibilité au sein d’un même lot et d’un lot à l’autre et de corrélation. En outre, IDEXX a mis en œuvre trois tests des CDC à exécuter en parallèle avec le test IDEXX à des fins de confirmation. Les trois tests de confirmation s’inspirent de ceux des CDC, initialement publiés le 24 janvier 2020.1,2

La spécificité croisée des quatre tests (SARS-COV-2) a été confirmée en utilisant des cibles de coronavirus vétérinaires synthétiques-positives et des coronavirus respiratoires canins PCR-positifs, des coronavirus entériques canins et félins et des échantillons de coronavirus entériques équins soumis par l’intermédiaire de l’offre de diagnostic IDEXX. Les contrôles suivants ont été effectués pendant la phase de validation et de dépistage de PCR en temps réel : 

  • Contrôle négatif d’extraction (CNE) : tous les contrôles négatifs d’extraction ont affiché une note négative par PCR.
  • Contrôle de la qualité pré-analytique des échantillon à l’aide d’un test PCR TaqMan® en temps réel pour un gène de contrôle endogène. Tous les échantillons, quel que soit leur caractère négatif ou positif, ont passé avec succès le contrôle de qualité des échantillons.
  • Contrôles PCR négatifs : tous les contrôles PCR négatifs ont obtenu une note négative.
  • Contrôles PCR positifs : tous les contrôles PCR positifs (contrôle synthétique-positif) ont été testés positifs.
  • Contrôle de la contamination de l’environnement : tous les échantillons provenant de différents endroits au sein du laboratoire de PCR ont été testés négatifs lors de la surveillance de la contamination

Les échantillons de coronavirus respiratoire canin, de coronavirus entérique canin et félin et de coronavirus entérique équin positifs au PCR, qui ont été soumis par le biais de l’offre de diagnostic IDEXX, ont également été soumis à tous les tests de dépistage du CoV-2 du SARS. Tous les tests des CDC et tests RealPCR SARS-CoV-2 (COVID-19) d’IDEXX ont donné des résultats négatifs pour cette population d’autres coronavirus.

Méthodologie de dépistage

Des échantillons choisis au hasard parmi les échantillons soumis dans le cadre de l’offre de diagnostic RealPCR d’IDEXX  pour les maladies respiratoires canines, les maladies respiratoires félines, les maladies respiratoires équines, la diarrhée féline, la diarrhée canine et la diarrhée équine ont été utilsés. Les échantillons initiaux utilisés pour le dépistage comprenaient des écouvillons (la majorité sont des écouvillons pharyngés profonds [gorge] et conjonctifs [yeux]) et des fèces. Sur les plus de 3500 échantillons ayant fait l’objet d’un dépistage entre le 14 février et le 12 mars :

  • les échantillons ayant fait l’objet d’un dépistage provenaient des 50 États des États-Unis et de la Corée du Sud.
  • 55 % des échantillons étaient d’origine canine, 41 % d’origine féline, 4 % d’origine équine.
  • 77 % étaient d’origine respiratoire, 23 % d’origine fécale.

 

Références

  1. Centers for Disease Control and Prevention (Centres pour le contrôle et la prévention des maladies), Division of Viral Diseases (division des maladies virales). CDC 2019-Novel Coronavirus (2019-nCoV) Real-Time RT-PCR Diagnostic Panel Instructions for Use (Bilan diagnostic Real-Time RT-PCR 2019-Novel Coronavirus (2019-nCoV) - Mode d’emploi). Publication CDC CDC-006-00019, révision : 02. www.fda.gov/media/134922/download. En vigueur le 15 mars 2020. Consulté le 16 mars 2020.
  2.  Centers for Disease Control and Prevention (Centres pour la contrôle et la prévention des maladies), Division of Viral Diseases (division des maladies virales). Research Use Only Real-Time RT-PCR Protocol for Identification of 2019-nCoV (Protocole Real-Time RT-PCR pour l’identification du 2019-nCoV destiné à la recherche uniquement). www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/lab/rt-pcr-detection-instructions.html. Mis à jour le 14 mars 2020. Consulté le 16 mars 2020.